Ở trẻ sơ sinh hệ tiêu hóa còn non yếu và chưa phát triển toàn diện. Chính vì vậy chỉ cần một sự tác động nhỏ thôi cũng có thể khiến cho hoạt động của đường ruột bị xáo trộn và gây ra chứng rối loạn tiêu hóa ở trẻ sơ sinh. Táo bón gặp nhiều ở trẻ đang ăn sữa bột. Nguyên nhân chủ yếu do lượng sữa bú không đủ, sữa có quá nhiều protein hoặc chất béo, hoặc do sữa pha quá đặc. Ngoài ra, táo bón cũng thường xảy ra ở trẻ sinh non, sinh ngạt, suy giáp, trẻ có mẹ bị sản giật kèm hạ magiê máu, trẻ bị nứt hậu môn. Riêng các trẻ bị phình đại tràng bẩm sinh thường đi ngoài phân su muộn, sau đó bị táo bón kéo dài kèm chướng bụng. Để giảm tình trạng táo bón cho bé, mẹ có thể thực hiện các bài tập massage bụng cho bé theo chiều kim đồng hồ, tắm nước ấm cho bé giúp đường ruột của bé hoạt động tích cực hơn. Ngoài ra, có thể thử một chút nước ép trái cây pha loãng, bổ sung nhiều chất xơ vào chế độ ăn uống của bé để giảm chứng táo bón. Hệ vi sinh mất cân bằng do dùng kháng sinh, do chế độ ăn uống sinh hoạt không hợp lý, chưa hoàn chỉnh hoặc hoạt động không bình thường sẽ dẫn tới bệnh rối loạn tiêu hóa ở trẻ. Khi đó thức ăn không được tiêu hóa hoàn toàn (phân sống, rối loạn hấp thu, tiêu chảy…), loạn khuẩn đường ruột (tiêu chảy, táo bón). Tiêu chảy: Trẻ đi tiêu phân lỏng trên 3 lần mỗi ngày được gọi là tiêu chảy. Nguyên nhân thường do nhiễm trùng, loạn khuẩn đường ruột, chế độ ăn không phù hợp với lứa tuổi… tiêu chảy kéo dài có thể ảnh hưởng đến phát triển thể chất lẫn tinh thần. Kém hấp thu: Trẻ kém hấp thu thường ăn tốt nhưng không tăng cân. Tình trạng sẽ cải thiện nhanh chóng nếu trẻ được bổ sung các vi khuẩn có lợi (Probiotics) và chất xơ hòa tan (Prebiotics) giúp đường ruột tiêu hóa và hấp thu thức ăn tốt hơn.